Android: Gradle build fails with "The newly created daemon process has a different context than expected" : IDEA-162389によると、ホームディレクトリにあるGradleの設定ファイル(USER_HOME/.gradle/gradle.properties)に
org.gradle.java.home=
と書くとトラブルが解消したそうです。

私が試したところでは、プロジェクトごとのgradle.propertiesに書いてもIntelliJからGradleを使うことができるようになりました。